10-letni Morten pragnie być marynarzem tak jak jego tata. Wolny czas spędza w domku na drzewie, gdzie pisze listy do ojca i chowa się przed surową ciotką Annabelle. Chłopiec pragnie wybrać się w podróż, przeżywać przygody, odkrywać nieznane lądy. Pewnego dnia do portowego miasta przybywa zwariowany magik i obsypuje Mortena tajemniczym proszkiem. Bohater zmniejsza się i przenosi na pokład statku-zabawki. Nie jest jednak jedynym członkiem załogi, czeka go spotkanie z Królową Pająków i jej świtą. Jakim kapitanem okaże się chłopiec? Morten będzie musiał wykazać się nie lada odwagą, by znaleźć sposób na uratowanie statku przed zatonięciem i odkryć drogę powrotu do prawdziwego świata.
Kapitan Morten i Królowa Pająków to zaskakująca animacja o potędze nieograniczonej dziecięcej wyobraźni. Zachwycająca estetyka filmu nawiązuje do takich filmów jak Kubo i dwie struny czy Koralina i tajemnicze drzwi.
